IslandPath Analysis: Nanoarchaeum equitans



Each circle in the graphic corresponds to a predicted protein-coding ORF in the genome.
Circle colours indicate if an ORF has a higher or lower %G+C than cutoffs you set below
--(default is +/- 3.48 of the mean %G+C).
Strike lines across the circles represent regions with dinucleotide bias above a pre-determined cutoff.
Click on a circle to view a different portion of the table presented below the graph (default is the first 100 ORFs).



No RNA data available

A yellow circle indicates its %G+C value is bigger than the high value.
A green circle indicates its %G+C value is bigger than the low value and smaller than the high value.
A pink circle indicates its %G+C value is smaller than the low value.

A strike line across the circles indicates the region has dinucleotide bais above 1 STD DEV.
A black verticle bar indicates a transfer RNA gene lies between the two ORFs.
A purple verticle bar indicates a ribosomal RNA gene lies between the two ORFs.
A deep blue verticle bar indicates both a tRNA and rRNA gene lie between the two ORFs.
A black square indicates the dot is annotated as a transposase.
A black triangle indicates the dot is annotated as an integrase.


Low:  High:    Mean: 31.09   STD DEV: 2.98
Nanoarchaeum equitans Kin4-M, complete genome - 0..490885
536 proteins

Pos	 %G+C  SD      Location		Strand	Length	PID	Gene	Synonym	Code	Product

1	 27.44   490883..879      	 -	293	41614797	-	NEQ001	-	NEQ001	
2	 31.45         883..2691     	 +	602	41614798	-	NEQ003	-	NEQ003	
3	 29.12        2668..3189     	 -	173	41614799	-	NEQ002	-	NEQ002	
4	 30.94        3290..3748     	 -	152	41614800	-	NEQ004	-	NEQ004	
5	 29.64        3745..4665     	 -	306	41614801	-	NEQ005	-	NEQ005	
6	 27.49 -1     4680..5090     	 +	136	41614802	-	NEQ007	-	NEQ007	
7	 25.77 -1     5028..5582     	 -	184	41614803	-	NEQ006	-	NEQ006	
8	 30.92        5759..7000     	 +	413	41614804	-	NEQ008	-	NEQ008	
9	 27.27 -1     7105..7401     	 -	98	41614805	-	NEQ009	-	NEQ009	
10	 27.97 -1     7398..8423     	 -	341	41614806	-	NEQ010	-	NEQ010	
11	 35.15 +1     8399..8728     	 -	109	41614807	-	NEQ011	-	NEQ011	
12	 30.36        8775..9815     	 +	346	41614808	-	NEQ012	-	NEQ012	
13	 30.55        9793..10833    	 +	346	41614809	-	NEQ013	-	NEQ013	
14	 29.32       11037..11984    	 -	315	41614810	-	NEQ014	-	NEQ014	
15	 29.75       12031..13089    	 +	352	41614811	-	NEQ015	-	NEQ015	
16	 29.35       14872..15147    	 -	91	41614812	-	NEQ016	-	NEQ016	
17	 27.05 -1    15157..16158    	 +	333	41614813	-	NEQ017	-	NEQ017	
18	 30.20       16354..17631    	 +	425	41614814	-	NEQ018	-	NEQ018	
19	 32.71       17628..18596    	 +	322	41614815	-	NEQ019	-	NEQ019	
20	 30.64       18593..19297    	 +	234	41614816	-	NEQ020	-	NEQ020	
21	 28.40       19294..21561    	 +	755	41614817	-	NEQ022	-	NEQ022	
22	 28.01 -1    21555..22061    	 -	168	41614818	-	NEQ021	-	NEQ021	
23	 29.19       22304..23197    	 +	297	41614819	-	NEQ023	-	NEQ023	
24	 32.79       23219..24316    	 +	365	41614820	-	NEQ024	-	NEQ024	
25	 29.84       24345..25118    	 +	257	41614821	-	NEQ025	-	NEQ025	
26	 34.30 +1    25199..25507    	 +	102	41614822	-	NEQ026	-	NEQ026	
27	 26.98 -1    25482..26426    	 +	314	41614823	-	NEQ028	-	NEQ028	
28	 32.42       26403..27497    	 -	364	41614824	-	NEQ027	-	NEQ027	
29	 28.68       27544..28059    	 -	171	41614825	-	NEQ029	-	NEQ029	
30	 29.56       28056..28691    	 -	211	41614826	-	NEQ030	-	NEQ030	
31	 31.38       28722..29234    	 -	170	41614827	-	NEQ031	-	NEQ031	
32	 32.20       29432..30583    	 +	383	41614828	-	NEQ032	-	NEQ032	
33	 30.65       30576..32363    	 +	595	41614829	-	NEQ033	-	NEQ033	
34	 28.62       32363..32998    	 +	211	41614830	-	NEQ034	-	NEQ034	
35	 31.48       33020..34420    	 +	466	41614831	-	NEQ035	-	NEQ035	
36	 28.42       34449..34733    	 +	94	41614832	-	NEQ036	-	NEQ036	
37	 36.02 +1    34755..35015    	 +	86	41614833	-	NEQ038	-	NEQ038	
38	 30.85       34999..35199    	 -	66	41614834	-	NEQ037	-	NEQ037	
39	 34.25 +1    35478..36131    	 +	217	41614835	-	NEQ039	-	NEQ039	
40	 29.01       36124..36771    	 +	215	41614836	-	NEQ041	-	NEQ041	
41	 29.83       36739..37566    	 -	275	41614837	-	NEQ040	-	NEQ040	
42	 30.85       37563..39014    	 -	483	41614838	-	NEQ042	-	NEQ042	
43	 34.90 +1    39040..39294    	 -	84	41614839	-	NEQ043	-	NEQ043	
44	 28.79       39323..39916    	 -	197	41614840	-	NEQ044	-	NEQ044	
45	 30.81       39873..41099    	 -	408	41614841	-	NEQ045	-	NEQ045	
46	 29.07       41032..41406    	 -	124	41614842	-	NEQ046	-	NEQ046	
47	 29.90       41393..42061    	 +	222	41614843	-	NEQ047	-	NEQ047	
48	 28.32       42006..42803    	 +	265	41614844	-	NEQ048	-	NEQ048	
49	 32.16       42814..44436    	 +	540	41614845	-	NEQ050	-	NEQ050	
50	 30.88       44420..45112    	 -	230	41614846	-	NEQ049	-	NEQ049	
51	 31.78       45112..45753    	 -	213	41614847	-	NEQ051	-	NEQ051	
52	 32.96       45858..46934    	 +	358	41614848	-	NEQ052	-	NEQ052	
53	 30.36       46948..48291    	 -	447	41614849	-	NEQ053	-	NEQ053	
54	 30.17       48404..48814    	 -	136	41614850	-	NEQ054	-	NEQ054	
55	 30.35       48853..50226    	 +	457	41614851	-	NEQ055	-	NEQ055	
56	 30.24       50213..51247    	 +	344	41614852	-	NEQ057	-	NEQ057	
57	 27.11 -1    51234..51779    	 -	181	41614853	-	NEQ056	-	NEQ056	
58	 37.96 +2    51760..52191    	 -	143	41614854	-	NEQ058	-	NEQ058	
59	 33.11       52238..54031    	 +	597	41614855	-	NEQ059	-	NEQ059	
60	 28.47       54182..54736    	 +	184	41614856	-	NEQ060	-	NEQ060	
61	 29.18       55825..56691    	 +	288	41614857	-	NEQ061	-	NEQ061	
62	 27.88 -1    56818..58431    	 -	537	41614858	-	NEQ062	-	NEQ062	
63	 29.85       58428..59030    	 -	200	41614859	-	NEQ063	-	NEQ063	
64	 30.28       59011..59961    	 -	316	41614860	-	NEQ064	-	NEQ064	
65	 32.07       59997..60233    	 +	78	41614861	-	NEQ065	-	NEQ065	
66	 26.89 -1    60445..61065    	 -	206	41614862	-	NEQ066	-	NEQ066	
67	 29.37       61050..61805    	 -	251	41614863	-	NEQ067	-	NEQ067	
68	 30.43       61786..63816    	 -	676	41614864	-	NEQ068	-	NEQ068	
69	 43.00 +2    63752..64144    	 -	130	41614865	-	NEQ069	-	NEQ069	
70	 34.46 +1    64202..64999    	 +	265	41614866	-	NEQ070	-	NEQ070	
71	 30.98       64996..65676    	 +	226	41614867	-	NEQ072	-	NEQ072	
72	 28.77       65668..66171    	 -	167	41614868	-	NEQ071	-	NEQ071	
73	 28.25       66140..66709    	 -	189	41614869	-	NEQ073	-	NEQ073	
74	 28.50       66875..67453    	 -	192	41614870	-	NEQ074	-	NEQ074	
75	 36.22 +1    67483..68070    	 -	195	41614871	-	NEQ075	-	NEQ075	
76	 33.96       68064..69971    	 +	635	41614872	-	NEQ076	-	NEQ076	
77	 35.14 +1    69993..71207    	 +	404	41614873	-	NEQ077	-	NEQ077	
78	 31.23       71224..72033    	 +	269	41614874	-	NEQ077a	-	NEQ077a	
79	 35.77 +1    72158..73591    	 +	477	41614875	-	NEQ078	-	NEQ078	
80	 34.18 +1    73896..74843    	 +	315	41614876	-	NEQ079	-	NEQ079	
81	 33.83       74944..76152    	 +	402	41614877	-	NEQ080	-	NEQ080	
82	 30.35       76183..76785    	 +	200	41614878	-	NEQ081	-	NEQ081	
83	 38.25 +2    76817..78118    	 +	433	41614879	-	NEQ082	-	NEQ082	
84	 28.79       78118..78447    	 +	109	41614880	-	NEQ083	-	NEQ083	
85	 30.69       78469..79527    	 +	352	41614881	-	NEQ084	-	NEQ084	
86	 26.52 -1    79524..80051    	 +	175	41614882	-	NEQ085	-	NEQ085	
87	 29.38       80035..81528    	 +	497	41614883	-	NEQ086	-	NEQ086	
88	 32.94       81536..82555    	 +	339	41614884	-	NEQ088	-	NEQ088	
89	 30.15       82536..84323    	 -	595	41614885	-	NEQ087	-	NEQ087	
90	 28.88       84323..85018    	 -	231	41614886	-	NEQ089	-	NEQ089	
91	 27.50 -1    85021..86202    	 -	393	41614887	-	NEQ090	-	NEQ090	
92	 31.35       86186..87040    	 -	284	41614888	-	NEQ091	-	NEQ091	
93	 35.57 +1    87069..87470    	 -	133	41614889	-	NEQ092	-	NEQ092	
94	 24.80 -2    87733..88353    	 +	206	41614890	-	NEQ094	-	NEQ094	
95	 32.94       88346..88855    	 -	169	41614891	-	NEQ093	-	NEQ093	
96	 28.67       88887..89444    	 +	185	41614892	-	NEQ095	-	NEQ095	
97	 31.41       89466..90296    	 +	276	41614893	-	NEQ096	-	NEQ096	
98	 27.83 -1    90266..90919    	 +	217	41614894	-	NEQ097	-	NEQ097	
99	 32.49       90946..91776    	 -	276	41614895	-	NEQ098	-	NEQ098	
100	 37.97 +2    91875..92651    	 +	258	41614896	-	NEQ099	-	NEQ099	

 
 31.09 MEAN 
 
 2.98  STD DEV 




Last Updated: Sept 17 2004 (Note: update adds new organisms but does not affect the existing records)
      
Funding for this work was provided by the Peter Wall Institute for Advanced Studies. This service is hosted by the Brinkman Laboratory of the Department of Molecular Biology and Biochemistry at Simon Fraser University.